小肥羊創辦第一家店以后就吸引了很多加盟商加盟，小肥羊也制定了“以加盟為主，重點直營”的加盟政策，除了單獨的加盟店以外，在全國各地設立了省、市、縣級總代理，由這些代理商幫助拓展加盟店。這一政策使小肥羊在短短的兩三年時間里遍地開花，到2003年年底小肥羊的加盟店已經達到610家左右，較高峰時達到721家。正如一位業內人士所說：“小肥羊的發展速度是驚人的，可以用‘奇跡’二字來形容。”此階段的特許加盟，小肥羊實際上只出—塊牌子、一套文件，加盟的門檻極低，省會級城市的加盟費僅為20萬元，地、縣級以下城市甚至可能減免，這樣做的目的是在小肥羊品牌影響力下銷售羊肉，而賺取加盟費只是副業。
2004年蒙牛集團在香港成功上市，成為民營企業的榜樣。2004年同在內蒙古包頭市的張鋼把蒙牛功臣盧文兵邀請到小肥羊任常務副總裁，小肥羊也開始從“販羊肉”改為“學蒙牛”。在早期簽訂的特許代理合同到期后，小肥羊不再與之續約，而是于2005年2月成立了加盟服務中心，開始直接管理加盟商。隨后小肥羊又終止了一批表現欠佳的加盟店，并于2006-2007年間支付了近1.7億元收回30間加盟餐廳。2007年，小肥羊直營餐廳獲得了7.5億元收入，食品銷售（其中羊肉占63.1%)獲得了1.7億元收入（其中有價值9900萬元的羊肉、湯料銷售給加盟商）。240家加盟連鎖店則貢獻了2637.5萬元的管理費，這個數額較2004年度大幅上漲了133.2%。通過整頓，小肥羊加盟店數量下降了，收取的管理費卻增長了一倍多，原因在于不再豁免特許經營費和品牌使用費。
2007年小肥羊公司重新有規劃地開設高質量加盟店面，進入“不惟數量重質量”的發展階段。國內一、二線城市以直營為主，二、三線城市以加盟為主，不再設任何形式的總代理。國際市場則在開設直營店的基礎上，適度開設加盟店，其形式靈活掌握，既可以設置必要的總代理，也可以設置個體加盟店，以期全面打幵國際市場。2007年年末，直營店和加盟店數量分別為81間和249間。截至2008年3月31日，小肥羊在全球共有350家餐廳，包括103家自營餐廳及247家特許經營餐廳。
小肥羊公司在其2010年度加盟商大會上對外宣布，從今年開始小肥羊全線開放國際市場特許加盟業務，而在北京、上海、深圳等國內一、二線城市將不再開放特許加盟業務。在國際市場方面，目前小肥羊在美國、日本、加拿大等國家和地區有19家特許加盟店。未來在國際市場以發展特許加盟為主，逐步撤出直營方式，把主要精力集中在經營國內店面上。而早在2009年年底小肥羊就已發布公告，向其合作伙伴出售日本小肥羊的全部股份，隨后小肥羊中國與小肥羊日本訂立特許經營協議，授予小肥羊日本在日本經營特許餐廳的獨家特許經營權。
可以說，小肥羊在中國餐飲企業里面是做特許加盟最成功的。小肥羊最初靠做特許加盟、賣羊肉起家，較多時曾經擁有700多家門店，多數都是加盟店，小肥羊則以這些加盟店為資本，圍繞它們做文章。在小肥羊的發展過程中，特許加盟起到了至關重要的作用。小肥羊一直在直營和加盟這兩條道路上搖擺：早期為了賣羊肉多開加盟店，中期為了品牌而限制加盟并回購加盟店，股票上市后為了高效率地拓展鞭長莫及的海外市場和國內三、四級城市市場，小肥羊又重新開放了特許加盟。
據小肥羊2009年年報顯示，截至2009年12月31日，小肥羊擁有293家加盟店和161家直營店，加盟店占門店總數的64.5%，加盟店在2009年度共為小肥羊帶來3088.7萬元特許經營收入，只占當年總營業收入的2%，平均每家店的特許經營收入為10.5萬元。直營店2009年營運收入為12.2億元，占當年總營業收入的78%。
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